本宮大社で行われる最も大きなお祭りが、この例大祭です。
毎年4月13から15日にかけて行われ、13日の「湯登神事」は和歌山県の無形民俗文化財に指定されています。
湯登神事（ゆのぼりしんじ）
13日午前９時、宮司以下の神職者・氏子・修験者・伶人（神楽人）・氏子総代、稚児（２、３歳の男の子）ら、総勢40～50人が列を成して熊野本宮大社を出発し、太鼓に合わせて神歌を歌いながら、潔斎の為に湯の峰温泉を目指します。
当家と呼ばれる斎屋（ゆや）に到着すると、湯垢離によって身を清め、湯粥を食べます。
また、熊野の神は稚児の頭に宿るとされていますので、神事の間以外は稚児を地面に降ろしてはならず、移動の際はウマ役の父親が肩車をします。
午後からは湯の峰王子にて八撥神事（やさばきしんじ）と呼ばれる稚児舞楽を執り行います。
これは、稚児に神霊を憑依させる儀式と考えられており、稚児が抱えた小さな太鼓を叩き、父親が左に3回、右に3回、左に3回、その体を回転させる動作を３回行います。
神事の最中に泣きだす稚児もおり、毎年賑わいを見せる儀式です。
湯の峰での神事の後は再度父親の肩車に乗って大日越えと呼ばれる山道を通り、山中にある月ヶ丘神社に移動し、八撥神事を行ってから旧社地 大斎原に移動し、夕刻まで解散します。
夕刻には宵宮行列をなす宮渡神事を執り行います。
船玉大祭（ふなたまたいさい）
14日に船玉大祭と前夜祭が行われます。
渡御祭（とぎょさい）
熊野本宮大社例大祭のフィナーレを飾る渡御祭。
本宮大社 本殿で行う「本殿祭」と、本宮大社から旧社地 大斎原に向かう渡御祭の２つの神事から成り、毎年大勢の人が参加し、盛大に執り行われています。
本殿祭は早朝より行われ、挑花と呼ばれる菊の造花を飾り付けた神輿を据えます。これは熊野牟須美神にまつわる重要なシンボルとして用いられ、太い竹竿に木箱を取り付け、挑花を付け飾られています。
神輿には神霊が移るとされ、ご神体を宿した神輿が本殿を出発し、行列には肩車された稚児や巫女、神職者達が続きます。
大斎原では笛や太鼓にあわせて装束を付けた地元の子供たちが大和舞を奉納したり、巫女が舞を披露します。
稚児達はお田植神事を奉納し、その後修験者達による護摩焚きや餅投げが行われます。